上司に辞めると伝えました。 白黒ハッキリさせたい、真面目すぎる性格と言われ、1時間くらい止まれました。 とりあえず、休職扱いにするから考えといてと言われまし

そのように受け取るということは、上司とのこれまでの関係もあまり良くなかったんですかね？
それに対し主さんの辞める意思をちゃんと伝えることはできたんですか？
上司の言われるがままですか？

上司なりに主さんのこと認めていて、なんとか続けてほしいという想いがあるんだと思います。でもそれは所詮はやめられたら上司が困るからという個人の都合で、主さんのためを想ってではないと思います。代わりが見つかりさえすれば用無しですからね。それまでは大事な戦力ではあるので。
主さんはどうしたいんですか？