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チェーン店や個人店で働いたことありますが、さほど手間でもありません。
オープン時間からすぐにお客様が来ることも少ないので、お客様が来る時間は統計でわかりそこから逆算したとしても1時間もあれば準備出来ます。
ワンオペでするわけではないので、もしも工場で全て用意されるとしたら手空きになります。
ワンオペにしてしまうとお客様が複数組み来たら間に合いません。
仕込みの時間はだいたいがお米の炊ける時間＋αと掃除の時間です。
どの道お米を炊くために出勤時間は変わらず、手隙きになるだけです。

工場出荷になった場合、かなりの添加物が必要になると思います。
生食のもの（火を通すだけ等）も冷凍になれば、結局解凍の時間は必要になりますよね。
仮に1時間解凍があった場合、結局1時間前には出勤となります。
ならその間に仕込み出来るとなります。

こだわりたいお店は仕込みが大変になると思いますが、そのこだわりを売りにしているのです。
その分価格も高く設定出来ます。
大変だから工場で〜としたら、ファミレスです。
よって、工場で出来る店は冷凍食品の味になります。

その他デメリットとしては価格にも反映されると思います。
仮にサラダだとして、お店ならレタスを買えばいいんです。
工場だと、工場に運ぶ運賃、工場で仕込む料金、仕分け工場に運ぶ運賃、仕分け工場から各店舗へ仕分ける人の料金、各店舗へ届ける運賃、そこに容器代や工場使用料が掛かります。
これは仕分け工場で働いたことから見えて来たことなので、もっと細かく料金は掛かるかもしれません。
大量に生産出来るほど大きなお店なら人件費と相殺して安くなるかもしれませんが、十何店舗とかだとコスパは悪いと思います。

その他デメリットで、安全面もあります。
サラダの例で、店舗で行うと傷んでいる葉っぱにも気付けます。
工場だと機械なので含まれる事も考えられます。
袋詰の前に保存料を振りかけることで新鮮そうには見えますが。
大袋で購入した場合は使い切れる量にならない事も考えられるので、開封済みで翌日は痛むかもしれません。
小袋にした場合、その分コストが掛かります。

お店に寄ると思いますが、仕込みを大変だと感じたことがありません。
美味しいほうが、自分もお客様もいいじゃないですか。
お昼のピーク過ぎたらお客様は来ないので、前日に出来る仕込みはそこでやってますよ。