今まで女子会に誘ったら必ず乗っていた人に断られ、理由を聞いたら「染色体調べたら遺伝子レベルでは男性だった。本当は男性なのに毎回女子会に出しゃばってごめん…」

ISかもってことですよね？
それって判明したからと裏切りになるとは思えないんですが。
産まれたときの性器ですぐに分かる方もいますし、大人になって検査したらそうだった、て方もいます。

相手が誰であれ
相手のことを陥れようと嘘をついた、などではない限り、それは裏切りとは言わないと思います。
仮にISだと判明して友人に打ち明けて、裏切り、だと言われたらその方とのお付き合いは止められて良い相手だと思いますよ。