今まで女子会に誘ったら必ず乗っていた人に断られ、理由を聞いたら「染色体調べたら遺伝子レベルでは男性だった。本当は男性なのに毎回女子会に出しゃばってごめん…」

なんで裏切りという言葉になるのか。何か裏切ったことになります？
当人も自分が女だと思って育ってきたのに、実は男性だったってことが発覚してしまった…としたら一番苦しいのはその当人だということは誰に目にも明らか。それを責める人なんているんでしょうかね。そんな人がいたら付き合わなくていい。

きちんとした友人なら性別関係なく仲良くしたいと思うはず。
あるいは気持ちを慮って、自分達女グループと接するのが苦痛ではないか当人の心が楽になる道を選ばせてあげたいと思うんじゃないかな。