トイレの私物化？新入社員です。 新しく配属された部署に女の上司がいるのですが、まず着いて早々にお手洗いに連れていかれました。 女の人は私を含めて3人いる

「掃除は個室と使ってるトイレだけで良い」

すみません。ここの部分がよくわかりませんでした。
使ってる個室と使ってるトイレって同じでは無いのですか(?_?)

それはそうとして、その上司がかなりな潔癖症で人の後には入りたくないとか、
自分で汚した分は自分で責任持って掃除しましょうという主義なのかでしょうかね。

それならそう言ってくれればわかりますが「絶対に手前は使わないで」迄言われたら意味わからなくてモヤモヤしちゃいますよね。

とにかくその上司にそんな権限は無いことは確かだと思います。