退職を申し出るのが、3ヶ月前では遅いのでしょうか？ 中小企業です。 理由は親の介護の為、実家の近く転居予定により通勤が困難になる為です。(2時間から2時間半

法律的には一ヶ月前でも何ら問題のないことです
会社としては、もっと早くにとは思うかもしれもせんけど、3ヶ月前なら引き継ぎも十分できますし、何らあなたに落ち度はないと思います
3ヶ月あったら人員の募集もできますし、それに見合った人員の配置、シフトを組めばいいだけですからね
一人抜けただけで苦労するのは会社の体制の問題ですから、あなたが気にすることではないですよね