私ののせいで友達が不登校です。長文です。 2年ほど前、学校の帰りにクラスでいじめられていてほとんど話したことの無い男子に会い、何気なく｢バイバイ｣と挨拶し

自分に良く無い点があったことをお詫びしたのは良かったと思いますが、反応が無いと不安ですね。それに、悩みを聞くのと付き合うは別なので、仕方の無い部分はあります。
貴方のせい、と限定してしまうのは良くないです。陥れるつもりでしたことではありません。彼にも克服しなければならない点があります。もう謝罪は要りません。応援している気持ちを伝えてみたらどうですか？お互い頑張ろうと。