職場の新人女性社員（二十歳）の教育係となり３ヶ月間指導しました。 ７月半ばで指導期間が修了した時に「７月誕生日なんですよね！？お礼も含めてプレゼントしたいので

うーん…
私だったら誕生日プレゼントくれるって言われても３か月くらいしか付き合いない人からはもらおうとは思わないです。
相手がどういう人間なのかあまり知らないのに、変な期待とか持ちたくないですし。

入社して半年も経ってないのに上司に対してプレゼントしますって言うこと自体、上司と部下の距離感間違ってると思います。部活の先輩後輩じゃないんだから...

でも、入社したての新人からしたら3000円のボールペンはちょっと高いと思いますよ。