妊娠によるつわりで休職期間満了し、 復職した後に切迫早産等で入院になった場合、 会社は解雇になりますでしょうか？

中学生の時に男女雇用機会均等法って習ったことないですか？

男女雇用機会均等法より抜粋。

（婚姻、妊娠、出産等を理由とする不利益取扱いの禁止等）
第九条　事業主は、女性労働者が婚姻し、妊娠し、又は出産したことを退職理由として予定する定めをしてはならない。
２　事業主は、女性労働者が婚姻したことを理由として、解雇してはならない。
３　事業主は、その雇用する女性労働者が妊娠したこと、出産したこと、労働基準法（昭和二十二年法律第四十九号）第六十五条第一項の規定による休業を請求し、又は同項若しくは同条第二項の規定による休業をしたことその他の妊娠又は出産に関する事由であつて厚生労働省令で定めるものを理由として、当該女性労働者に対して解雇その他不利益な取扱いをしてはならない。
４　妊娠中の女性労働者及び出産後一年を経過しない女性労働者に対してなされた解雇は、無効とする。ただし、事業主が当該解雇が前項に規定する事由を理由とする解雇でないことを証明したときは、この限りでない。

であるので、就業規則にある休職期間を満了した場合でも、解雇されるとは考えづらい。
不当解雇ということで訴訟に発展し、損害賠償請求をされても面倒なので、解雇はしないと考えるのが妥当だと思います。