アパートの間取り、皆さんならどちらにしますか？

①ですね。
時間を有効に使えるのって大事です。
旦那さんが楽に通勤できると旦那さんのストレスも減るし、
スーパーにしろ、保育園にしろ、年間のロスタイムを考えると無駄な時間が膨大に。
やはり、家族みんなが動きやすく、かつ、旦那さんのストレスが少ないほうがいいと思います。

収納は引っ越してからすぐ、天井までの作り付けの棚など作ってみてはどうでしょう？
狭小住宅の収納例を参考にして見ると部屋数多いだけの家より、
手に届く範囲で簡単に収納できて機能的だったりします。

ちなみに我が家は部屋数だけ多くて収納ベタで大変なことになってます。