中３の姪がいるのですが、私の実家の一部屋に勉強机を置き、寝泊まりしています。実家の隣が自宅なのですが、家族の人数に対して狭い家なので、自分の部屋どころか皆で寝る

貴女の私物を勝手に使われることについては、ピシッと言って止めさせましょう。
貴女も社会人ですよね？
自分の部屋に鍵とかつけても良いと思いますよ。
あと、PCは誰のもの？
貴女も使うものなら、ユーザーのロックを掛けましょう。

ただ。
貴女のお母さんの私物については、お母さんが良しとしているなら、それで仕方ないのかも。
冷蔵庫や戸棚の食べ物もね。
あとは孫↔祖母の関係のことなので、貴女の立場から言うのは難しいでしょうね。
お母さんには言って良いと思いますが。