自分の部下の学歴が通信制高卒です。派遣社員ですが27歳の男性で資格やスキルも無く、今まではフリーターでした。なぜ、上司がこの子を採用したのか、さっぱり分かりませ

そんなに気にしないで良いと思いますよ。なぜかというと、あなたが学歴にこだわってモヤモヤするように、その部下の方も何かしら自分の学歴についてコンプレックスを持っている可能性が高いと思われるからです。
まさに色々なケースがありますが、学歴の低い人にも高い人にも、なぜその学歴なのか、という理由が必ずあります。
部下の方も理由があってその学歴なのでしょう。

仕事の評価と学歴は関係しないというのも一理あります。ただし、部下の方のこれまで歩んできた人生や常日頃の考え方、言動、過去などとは、学歴は関係しています。
主さんも部下の方も、他のほとんどの人間にとって、学歴は自分(と他人)に関係のある要因です。
あなたが納得しないように、部下の方にも納得しづらいモヤモヤが必ずあることでしょう。
なので、主さんだけが気にしてモヤモヤすることはありませんよ。
優秀で助かるところは評価して育て、だめなら客観的に指摘すれば良いかと思います。