この雇用契約は違法でしょうか？ 例えば、基本給18万で、それ以上稼ぐと業績評価給として評価されます。実際税金や保険料等もあるのでもっと少ないですが単純に言うと

似たケースを知ってる部分だけ、お答えします。

②ですが。
うちの会社の営業さんは、基本給+業務手当(営業業績給)です。
業務手当は、実働とその結果に対する手当です。
なので有給を使った場合には、実稼働がないため、業務手当も発生しないという事になります。
引かれてると言うより、足されない、という考え方です。

よく、退職前に溜まった有給を消費しよう！(同じ給料額のはず)と考える人がいますが、上記の人は、実質の給料は減ります。稼働した日に対する手当がつかなくなるため。
但し、基本給は死守されます。

あくまでうちの会社の例です。
内訳の質問はおかしなことではないので、経理担当者に確認してください。