20代後半の夫婦、4歳になる娘と1歳半の息子がいます。 私は会社員、妻は専業主婦です。 中々誰にも打ち明けずにここに書くことに至った悩みは ・妻

私も子供3人(17歳・12歳・9歳)育てていますが....

うーん、奥様がどういう叱り方をしているのか？が分からないのでアレですが、お子さんが"やっぱりママがいい"と言っているところをみると、きっと常識的範囲での叱り方なのかなと思います。

それより気になるのは"妻と娘が喧嘩" とか　"どちらかを庇う"といった主さんの発言の方かな？

4歳の子供相手に"喧嘩"もないでしょう（笑）
注意ですよ、あくまでも。
奥様がお子さんを叱っている内容が　注意して当たり前という内容なら　黙って聞いていてあげて下さい。
"3回言っても聞かないなら　ワガママを許す"だから　お子さんはずっと聞かないまま→結果、奥様がストレスがたまって言いたくもない小言を繰り返さずを得ないんだと思います。

黙って見守り、お子さんが聞かない時はお子さんの話も聞いてあげた上で　諭してあげ、聞いたら褒めてあげて、奥様の話も聞いて気持ちだけでも労ってあげたら　だいぶ変わってくるのかなぁと。

色々としたい気持ちも分かりますが、お子さんや奥様の心のサポートに徹した方がより良い親子、夫婦関係にも繋がるかと思いますよ。
頑張って下さいね。