私の会社の会計(経理)は絶対におかしいと思うので相談させてください。 小売店ですが、売上を入力するソフトと会計ソフトが違います。 ここまでは良いのですが

ごまかしてても、普通は預金は合わせます。決算書ではあってるでしょうか。
最近省かれることもありますが、銀行から残高証明を貰って、合わしておかないと税務調査で合ってないのが発覚するとすごい問題になると思います。

何か理由があるのか、入力が遅れてるだけとか。決算であってるか確認して、毎月の残高を照合してみる。
大抵、csvなどデーターで落とせるようになってます。

売上は税抜表示だと、税抜、売掛金は税込の金額であがります。