若い社員の出社拒否にイライラする。 人事部で働いていますが、最近入社1〜2年目の子が急に無断で会社に来なくなります。 上司が心配して電話すると頭が痛い、

とりあえず懲戒解雇で良さそうですね。
人事部としては、親身に相談に乗って出来るだけその社員の負担にならないようにしている風にして、その証拠も残しておけばリスクヘッジは万全です。
すぐにその人材をどうにか出来る事はありませんので、同様の人材に対する教育方法についての対策を会社として考えながら、適当にあしらうのが合理的かと思いました。