中学息子の部屋の机の上。ひとりで処理した後と思われるカピカピのティッシュを、１枚のキッチンタオルにくるんでいくつも置いています。 部屋に入るなと言われています

鼻をかんだティッシュを丸めて置いておく、捨てないという人もいるので、そういうことなんじゃないですかね。
特に何も考えていないのではないでしょうか、または、トイレに流すにも普通のティッシュは流せないからとおもっているのかもしれません。
部屋に入らないでほしいといわれているのに入ってどうこう思われている方が嫌です。
することに対して「よかったね」もよくわかりませんし、

何も見ず、言わず、聞かず、放っておけばいいとおもいます。いつまでもおいておいたらくさいでしょうし、そうなれば捨てるでしょう。