※超長文です。 ある人を嫌いになりきれなくて、とても辛いです。 大学の友人だった人（女子）なのですが、その人とは、色々なことがあり（そう思っているのはおそら

追加です。
あなた様の文章を読んでいますと、「自分が例の人のことを心の奥底では好きなんだ」とおっしゃっているように感じます。
貴方様の本能という言葉を使えば、「本能が拒絶反応を起こす」くらいには嫌です。
「本能がそう」ならば理由は不要では？という話なのだと思いますが、自分のさまざまな失態が、本能の正当性を弱化させるくらいは酷いものなのではないか？と考えているのです。