この会社で働くべきか、辞退すべきか

就職内定を辞退した経験が正直無くて、アドバイスは難しく、悩みますが

「なんか違うな」と感じたら、入らない方が良いです。
内容を読んでしまったので、尚更です。
手続関係の書類が出ない件も変です

しかし、９月に内定してから時間がかなりあったと思いますので、本当に今更なんですが「ここでいいのか」と何度かは思っていただきたかったです。

「思っていたけど怖くて動けなかった」のでしょうか。

私なら、受け直すと思います。
来月卒業だと思いますが、今更でも、就職課に相談します。「使える機関は使える期間だけは使いきる」という事です。

何だか怖そうな会社なので、辞退したら大学に苦情がきて、たぶん後輩は入れなくなりますが…
（学校には迷惑をかける為、怒られる覚悟は必要）

ダメなら職安でしょうか。ドタキャン（内定辞退）が出ている会社があるかも知れませんので、あたってみます。

暗い気持ちで社会人になって頂きたくないです
微妙な励まし方しかできませんが、新卒新入社員という経験は人生で一度しかできません。頑張って下さい。