昨日、仕事のお昼休みにひとりで飲食店でランチしたら店員さんに、「ここは狭い店だから長い時間居てもらう事は出来ない」と言われ、私はは食べるのが遅いし、店が狭いのは

長く飲食店で働いています。
どう考えても店員、もしくは店側の対応が悪いです。女性の方の食事で40分程度なら全く許容範囲内だと思います。
そもそも店側がお客様に食事時間の調整を求めるべきではありません。「ファミレスにドリンクバーだけの注文で何時間も居座る」というような場合とは全く話が違います。
もし店側の方針で長居されたくないのであれば、例えばテーブルに小さな立て札を立てて「混雑時はお食事後にお席をお譲りいただく場合があります。」などの注意書きを予め提示しておくなどの対応をとるべきです。
その店員はあまりにも失礼な対応だったと思います。学生のアルバイトの頃から接客業をやってきた人間から見ると、とても不愉快に感じました。
相談主さんを非難している方達はお門違いもいいところだと思います。相談主さんはあまりお気になさらない方がよろしいですよ。