中３女子です。 悩みなのかもいまいちですが、何かアドバイスあればよろしくお願いします。 学校に友達はいるし、勉強が出来ないわけでも大きな悩みがあるわけで

中高生〜大学生の多く利用する施設の人間ですけど、経験上、若い子は(というか人間は)みんなそんなに器用じゃありません。
愛想よくできない人はほんとにできないしニコニコしてる子はわりとゲンキンな子ばかり。大人からすると若いんだからもうちょい愛想よくした方が可愛いし勿体無いなと思わなくもないくらい、建前でニコニコしようとか発想としてない子が多いし。
要はわりとみんな正直なのよ。

仮にもし「この子ここがちょっとな…」って思うところあったうえでニコニコしてる人がいたら、それはそれを包括したいその人全体を見てそれでも仲良くしたいと思ってる場合だよ。
その人に嘘をついて陥れようというつもりで嘘の笑顔を貼り付けてるわけじゃないと思う。

人間完璧じゃないので、あなたの短所やあるいはそうでないけど相手にとって引っかかるところが認識されるのは当然あると思う。でもそれでニコニコされてるということは大したことないと思われてるのよ。