娘は高校に入学してから、私の実家に泊まり込んでいます。 部活に塾にと忙しいながらも充実した毎日を送っていました。 しかし夏休みぐらいに久々に会うと、元々細かった

一緒に住んでないと、帰宅の表情とか普段の生活の様子がみえませんね。
元々細め、とのことですが、本人が勝手にネガティブに思い込んでダイエット始めたとか、勉強や部活、異性問題、進路などに悩みを抱えてるのかも。
あと、大変言いにくいですが、おばあちゃんの作るご飯が若者向きじゃない、味付けが娘さんの口に合わない、ってことはないですか？

お祖母さんの家での下宿を一旦解消して自宅に戻らせて様子を見てみては？