離婚届不受理申請を出している 友人が 家を出たようです。 旦那にも子どもにも 行く先は 告げず、また 子どもたちをどうするかも話し合いしないままだと 言

慰謝料や親権問題において不利になるかということなんですね。
ご友人が慰謝料を払いたくない、親権は取りたいということであるならば、それを争うときには不利になりますね。
家を出た事情が分かりませんから断定的なことは言えませんが、他にもレスがあるように、外形的には悪意の遺棄とも言える状況ですね。それだけで裁判上の離婚原因となる可能性もありますし、その原因を作り出したのがご友人であるとすれば離婚に伴う慰謝料請求を受ける可能性もあります。また、家を出た事情から必ずしも悪意の遺棄とまでは言えないときであっても（例えば暴力があったとかですね）、別居が長く続いてその結果婚姻関係が修復できないほどに破綻したと思えるようなときには、裁判離婚が認められます。このときの慰謝料は別居の事情やその後の互いの交渉状況などから判断されるでしょう。
親権に関して言えば、まずは子の監護養育を自ら放棄しているという事実があるわけで、厳しい前提をご友人自ら作られたという問題はあります。しかし、これも家を出ねばならない事情とお子さんを同行できない事情によっては、酌むべきということもあるでしょう。ただ、一定の期間にわたってお父さんがお子さんの監護養育を続けてきて、それに大きな問題が発生していないときに、突然帰ってきた母親が親権を主張して、お子さんの養育環境を大きく変えてまでお母さんの主張を認めるべきかという判断をする可能性は低くなる傾向にあるでしょう。

今後ご友人がどのように行動されるかは不明ですが、まずは当面離婚する意思があるのかどうかが問題で、離婚に向けて何故離婚するのかについて整理されて、勝手に離婚されるのは嫌なのであれば、自ら離婚に向けて調停を申し立てて、親権を含む離婚条件を協議するべきでしょう。別に別居したままでいいですし、現在の居所を秘匿して調停を進めることもできます。また、離婚をそもそも望んでいないということであれば、夫婦円満に戻るためにはどうしたらいいのかをお考えいただく必要があります。暴力などで一旦は別居したけれど、お子さんの養育などに危機があるとすれば、子の監護者の指定・子の引き渡しを求める審判・調停を行うことも考えられます。

いたずらに裁判所を使うことをお勧めしているわけではありませんが、争いが深刻であればあるほど、第三者機関の介入は必須でしょう。