メルカリでトラブルになりどうにもならず困っております。 先日、下敷きを購入しました。数年前の物で定価300円程の物が2000円でしたが購入しました。

※2連続投稿の2/2です。
上記でも申し上げたように、主さんはご自身が考える正しさあるいは公平性の下に問題を解決したいのだと思います。

そのお考えが強く、他の方法ではなくて、理想の方法でどうしても解決したいのであれば、それが失敗するリスクも受け入れざるを得ないということです。

たとえば、他の可能性として、他の方のレスでは、クレジットカード会社に連絡し、決済を保留にしてはどうかという内容がありましたね。しかし、主さんはその方法は取りたくないと判断されたのではないでしょうか。

また、たとえば、今回の件では、宅配業者が悪くないとは一概には言えないにもかかわらず、主さんはご自身の公平性に基づいて「ヤマトは悪くない」と結論づけています。

出品者が物品を梱包したその仕様からは、「2.5センチの厚さ制限をクリアできるのか疑わしい」という疑問があるとのことでしたね。しかし、モノは実際にヤマトを介して主さんに宅配されています。このことからは次のいずれかが推察できます。①出品者が2.5センチの厚さをクリアするためにクリアファイルを強引に折り曲げて梱包した。②出品者は、クリアファイルをふわっとしか折り曲げず、2.5センチの厚さ制限はクリアできていなかった。それにもかかわらず、ヤマト側が荷物を受け取り、宅配の取引を受託した。

仮にこの②であった場合は、ヤマトの過失になります。さらに、出品者は、「①はしていない、②が事実だ」と言っていることになります。この出品者の主張を意図的に受け入れて、出品者と主さんの一致した見解として、ヤマトに過失の有無と事実関係の確認、責任の所在を確認し追求する、という方法も、可能性の1つとしてはありえるのです。ただし、この方法は、主さんは取りたくないと考えるのではないでしょうか。

上記の方法はあくまで考えられる可能性の一例です。要するに、「万策尽きた」と感じられているようなら、それは主さんがとりたいと考える方法の範疇でのことであるかもしれないということです。
仮にそうであれば、主さんはご自身の考えに基づいて、「私は自分の信念に反してまで、問題を解決しようとは思わない。それが自分の方針であり選択だ」と思えば良いと思います。そう考えれば、モノで損を被りはするものの、あなたの尊厳は損なわれません。