私は御礼を言われるのや頭を触られるのや褒められるのが凄く苦手なんだ。 だって、胸の辺りがムズムズして気持ち悪いし不愉快だから。 だから、賞状とか受けたく無く

ありがとう、には「力になれたんなら良かった」「こちらこそありがとう」「いえいえ（いやいや）全然」でしょうか？ いえいえ、はやや謙遜と感謝を受け入れてない感じもしますが…それが軽く準備しておけそうな言葉ですかね。「私はほんの少しやっただけだよ、〇〇さんの頑張りもあるよ」これはちょっと長いかもしれません。

おめでとう、は素直に「ありがとう」「ありがとう、嬉しい」「うん」で笑顔、くらいがあっさりしているでしょうか？

表彰も凄い功績を残した貴方に対して感謝や高評価を言いたい大人が一筆したためて、「偉い人から褒めてあげて！！」と校長に渡される、的なものですから、ちょっと不快かもしれませんが全校集会的な場で主さん自身が受け止めてあげてください。
学校に所属する以上避けて通れない表彰、なんか苦手なんだよなーと思いつつ『表彰状を書いてくれた人』の名前でも考えながらぼんやり過ごして乗り切ってください。