長距離種目女子です。木曜日に部活（種目別練習）で学校の外回りを３週半走りました。テニスコートとか建物とか中庭とか給食室、グラウンドまで含めた面積です。いや、それ

元陸上部長距離走者です。

あなたの学校の面積とか分からないので３周半とか言われてもって感じですけど...

ひとまずその靴っていわゆるローファーってやつですか？

男性なので履いたことないんですが、靴擦れとかで指が痛いのではなく、ふくらはぎが痛いんですね？

普段のランニングシューズの時とは違う力の入れ方をしたとかですか？

どう痛いのかとか、全然情報が伝わってこないので何とも言えませんが、とりあえず原因もいつまで痛みが続くかも分からないなら休んで病院行くべきです。
「走っても大丈夫！」とはっきり判断できる状況ではなく、ほんの少しでも「走るべきではないかも...」という不安要素がある状態でスポーツなどやるべきではないです。