年の差のある職場の部下からのアプローチに応えていいものか悩んでいます。長文ですみません。 私は35歳バツイチで、彼は25歳です。 私は子供ができない体である

2年間をほぼ毎日のように社内で共に行動した影響は2人にとっては大きいと思います。
恋愛に置き換えるなら交際暦2年のようなものです。
失恋から立ち直れるのが交際暦と同年数とは言われております。
その意味でも、まだ職場を離れてから間もないので、今が一番、お互いに喪失感から寂しい気持ちになっていることでしょう。
付き合う気がないなら、彼のためにも今後はLINEをブロック、もしくは既読スルーを2年間続けましょう。
彼と2年間、共に働いた期間と同年数だけ連絡を断てば、お互いに今の職場環境に生活スタイルが切り替わり、そのような好意もお互いになくなります。
また久しぶりに食事に誘われて、それに喜んでほいほいと行くような中途半端な行動は慎むべきだったと思います。
両者のためになりません。

それと、今後も同じようなことが繰り返しにならぬためにも社内であなたはペアを組まされる相手が異性の場合には、フレンドリーな接し方はやみましょう。

今回の件は、先輩側である、あなたの軽率な思考（フレンドリーな接し方、可愛がり）が後輩である彼の心を誘惑、洗脳させてしまったのです。
職場は、あくまでも仕事をする場であり、妙な男女間の問題にならぬように、先輩として、しっかり壁を作らなければいけません。

>役職や年の差を気にせずフランクに仕事しようとお互いで決めてやってきました
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お互いに決めた？いやいや違うでしょうよ。後輩の彼からそんな失礼な提案なんて出来ないわけですから、先輩であるあなた側から提案して、そのようなフランクな関係になってしまったはずです。
その意味では、今回は、あなたの後輩への接し方の甘さが始めから間違った方向に進んでしまったのが全ての発端ですよ。
あなたもご理解してる通り、2年も連絡を断てば、彼はまだ若いし、同年齢でお互いに初婚出来るような彼女との出会いの機会はたくさんあります。
その機会を、あなたが中途半端な関係を繋げて邪魔するのはやめてあげて下さい。