なぜ、発達障害の子どもは特別支援学校や特別支援学級に入れるのに、性同一性障害の子どもは特別支援学校や特別支援学級に入れないのですか？ 甥が戸籍上男ですが性

保育園ではトイレは多目的トイレを使っていますが、学区内の小学校は男子トイレと女子トイレしか無く、姉によれば性転換手術していないのに女子トイレを使ったら他の女の子たちに迷惑かかる、でも戸籍や生物学上は男とはいえ性自認は女なので男子トイレだとどうなのかなと葛藤（？）してるみたいです。
甥本人は特別支援学校や特別支援学級でも通常の学校の通常学級でも、どちらでも良いみたいです。