窃盗疑われて

先ず辞めた理由は何って言ったのでしょうか？

疑いかけられ仲間からも変な目でみられて辛いですし、給与からの天引きは証拠があるなら構いませんがそうでなければしないで下さい と、ハッキリ言いましたか？

こういう場合、オーナーに告げ口した人がいて、告げ口した人が犯人の可能性が高いと思います。
黙って辞めたなら最悪ですよ。

警察に全面的に協力して下さい。してなければ証拠があるはずありませんし、証拠がなければ警察も何も出来ません。