システムエンジニアって、土日仕事でて、平日に毎週休むことは出来るんですか⁉ 土日代わりに仕事して、平日休みたいから休むって自分で都合よく休み変えられるのですか

納期によって、休みがメチャクチャになる事があります。

例えば、新しく作ったシステムを、リリース（実施）する前のテスト（きちんと動くか確認する）というのは、そのシステムが実際に動いている間はできませんので

休む曜日は関係なくなる、というのが実情です。
私は女ですが終電での帰宅が十日続いて、帰るの面倒臭いから会社に泊まりたい、と思った事がありました。

プロジェクトの中心にいたため、盲腸の手術を延期した人すらいました

仕事なので、好きな日に休む、というわけにはいきません

働く時間に関しては、非常識が常識、になるのがSE（ｼｽﾃﾑｴﾝｼﾞﾆｱ）の世界でもあります。
推察ですが、もしお付き合いしている人、もしくはお友達がSEなら、そういう所も理解してあげて下さい。