40代の父です。 妻に母の日のプレゼントで花を買ったら、息子に「お母さんは花が嫌い。お父さんは何もわかっていない」「いつも一人で部屋にこもっているから嫌われる

同じ40代の父です。花がどうかというより、相手のして欲しいことを深く考えなかった事が問題かも知れません。子供は自分の選んだ物でお母さんを喜ばせたかったのでは？お父さんにはその手伝いをして欲しかったのかも知れませんね。そこに目を向けてもらえなかったから、「お金だけ出して」という言葉が出たんじゃないでしょうか。
母の日に、お皿洗い等はされましたか？子供に手伝ってもらって、一緒に洗ってもいいかも知れませんね。一緒にお母さんを喜ばせようと言って。

家族の関係を改善しようと思うなら、まずお子さんに意見を尊重しなかった事を謝ってから、根気強くコミュニケーションを取る事だと思います。安易に夜の関係など求めると逆効果です。
気持ちを表現力し続ければ大丈夫ですよ。しばらく嫌われて辛い思いをするでしょうけど、応援します。好かれるパパになるために、根気強く高い壁を越えましょう。