医療費免除のしかたわからないです…年末調整⁉

まず、旦那様の扶養に入る前に働いていたら、主さんの確定申告も必要です。

医療費控除に関しては、旦那様の年末調整が終わった後の源泉徴収票と、医療費の領収証を持って、確定申告が必要です。
年間にかかった医療費すべてが対象ですので、通院時の領収証や薬局などで購入した薬、通院時のバス代も対象になりますし、旦那様が病気で通院した分も対象になります。

５月に入籍、９月に出産との事ですので、扶養が２人分になってますので、年末調整で旦那様の所得税額が０になっている可能性もあります。その場合は、医療費控除は出来ません。
ご友人は、↑の理由で控除がなかったのかも知れませんね。