離婚した方が良いですか？

自営で借金があり自転車操業では、中々完済は出来ないと思います。
いくらの借金かわかりませんが、廃業と自己破産を考えたら如何でしょう。失礼ですが、貯金等財産もないと思いますし、無職の主さんに被害は無いと思います。
その上で離婚をすすめます。年金収入が世帯の収入になるかはわかりませんが、生活保護が受けられるかもしれないし、無職の母子家庭なら補助は受けられると思います。税金・国保・年金も相談すれば心配はないです。
自営で収入がないなら、僅かでもバイトをして稼ぐのが世帯主であり父親だと思います。全くお金を入れていないのに『産んでも大丈夫』と言えるのは無責任だからだと思います。それがそのまま自営業に現れています。そんな相手と一緒にいては先は見えないと思います。
主さんは家族３人を養えたのですから、産後再就職すれば大丈夫だと思います。