旦那が浮気して、離婚請求されています。離婚はいやなのですが、長期に別居しているためしかたがないのでしょうか？

もし主だけの都合による長期の別居が先にあってその後に旦那さんが浮気した場合は不定行為とならない可能性も高く、その時の有責配偶者は主になります。
また旦那さんの浮気が原因で別居に至っていても、別居が長期(○年という単位です)に及んで事実上の破綻状態であり修復の可能性も少ないなら旦那さんの請求も認められます。
お気持ちはお察ししますが、お互いが先へ進むには離婚も考えた方がいいんじゃないでしょうか。