部下のミスでもなく 全く関わっていない事 ただ、その日に出勤してただけという理由で 始末書書けと言われたのですが、 これは書かなければなりませんか？

つまりビルオーナーのクレームに対して無能な本社が主さん達に責任を押し付けて(責任回避して)自分の保身のために社長をごまかしたのが判明したわけね。
あとは社長に直接抗議かな？順序としてその前に総務にみんなでなぜ事実をねじ曲げてまて始末書を提出しなければならないのか？就業規則や公序良俗に反しないのか？労基署に問い合わせてくれと相談のが現実的かもね。