もうすぐ夫婦になるのですが、現在同棲(というか新居に入籍前に一緒に住んでいます)しています。 お互い転職をしてから勤務時間が微妙にずれていて悩んでいます。

お気持ちよくわかります。
今の生活は続きませんので、彼に合わせるのはすぐにやめましょう。

食事は一緒にとらなくても、たとえばあなたが休みの前日であれば、彼の夕食の時にとなりにいてあげては？
うちは夫の帰宅が遅いので食事はバラバラです。
夫の食事中や終わった後におしゃべりしたり、ドラマや映画を観たりしています。
夕食を一緒にとることはほとんどないですが、もう慣れました。

また、私は5時起床でお弁当作りや家族の朝食を用意しながら洗濯掃除。
親の介護もしています。
だから朝食も一緒にとってません。
それでも会話はできますし、寂しいとかはないですよ。

今はお互いのペースが合わないので大変かと思いますが、だんだんそれぞれのやり方が定まりわかってきますので、最初からうまくやろうとせずゆっくりやっていってください。

がんばりやさんですね！
大丈夫ですよ^ - ^