高額医療費適応制度のことで、後期高齢者の親の入院費が月の限度額を越えて病院には限度額までで良かったのですが、入院前に通院していて、その同じ病院から処方箋を貰い院

それらは同一月の話ですよね？
月を跨いでたら無理なので、同じ月に払ったものとしてレスしますが。
通常は、同一月に払った保険医療費(外来も入院も投薬も)全て合わせていくらだったか？によって適用されてると思います。
同じ月にかかった医療費なのに、外来だから入院だからと見落とされてることは考え難い。
どうしても確認したいのであれば、保険者に問い合わせてみてください。