パートが頻繁に休みます。 最低、週2回出勤で募集している会社で週２回しかシフトに入っていない人が月に3日ほど　自分を含めた家族の誰かが体調が悪いから休みますと

面接の際にそういった事情は話されていますか？
例えば、うちはこういう条件で雇っていて、今あなたはそれを満たせていません。当日連絡で穴埋めもろくにできず、業務に支障が出ています。
今後もこういったことが続くようであれば、あなたを雇い続けることができなくなりそうです。
と、まずはお伝えしてみてはいかがでしょうか？
それでも、少し様子を見て改善されないようであれば、申し訳ないですが、以前話した通り、雇い続けることができません。
辞めていただけますか？と、話してみては？

ご本人含め、ご家族の不調は当日にわかることも多いでしょうし、家族内感染等、疑わしいですが、事実かもしれません。
まずは、少し寄り添いつつ、事情を話してみるのがいいかとおもいます。