中学生の女子です。 父親に犯される夢を見ました。 私の父親は税理士で、合理的な人です。 怒ると怖くて物を壊した事があります。 でも、機嫌がいい時

「犯される」を含めて、夢事の性描写と、両親等身近な人が出てくることの関連性には特別心配する必要は無いと感じます。

おそらく、日常の「性」に対しての興味や不安事が、夢の中に形として出てきているのではないですか？

敢えて問題性を考えるなら、性の夢に関する頻度が高く（強迫性）、父や母が必ず出て来て他の人間は出て来ないとか、日常生活にも支障を来す場合でしょうね。
その場合はカウンセラー等を受けたほうが良いかも。

現状は、相談者の年齢から見た最大の異性は「父」だろうし、セックスに対する興味や両親に対する想いが絡み合っている状態だろうと思います。