1歳から保育園に入り、3月に3歳になる息子がいるのですが 現在通っている保育園が小規模保育園でして、 4月から保育園か幼稚園どちらにしようか悩み、 仕事の

なぜいずれかは幼稚園に行かなくてはならないのですか？
保育園のいう「5歳まで」は実質6歳の就学前までのことを指すと思いますよ。

なぜ幼稚園にこだわるのですか？
幼稚園は鉛筆の持ち方、字の書き方、絵の描き方や工作など、スムーズに就学できるようなカリキュラムが組み込まれています。
保育園は勉強的なことはほぼない代わりに、自分の支度を自分でしたり、年少者年長者との関わりなどから、自立や共同生活を学べます。
どちらにもメリットはあります。主さんはどちらをお望みなんだろう？

私は年中年長の2年間を幼稚園で過ごしました。
私の子供は1-5歳（就学前）まで保育園ですが、別段不便なく就学できましたよ。

主さんの仕事の都合でいいんじゃないですか？