先日、とある企業の求人の事務へ応募して、先ほどいくつか確認したいことがあるとのことでお電話したのですが、その際にあちら側の対応で何点か気になることがありました。

行きます。

一々気にしてたらキリないです。
そもそも誰に言っても通じる程度に大きい会社でも合わないと感じる人や変な人は存在します。むしろ、そういう相手が全く存在しない会社なんて自営業か片手で数えられる社員がいる程度の本当に小規模な所じゃないと無理です。
主さんが狙ってる企業がそう言った小規模な所なら好きなだけ合うところを探したら良いと思います。ですが、ある程度の規模を求めるならそういった人とも当たり障りなく接せられる能力はあった方が良いですよ。