給料計算が全然違う

飲食店ならありがちですね。

私も飲食店勤務ですが…
まかないをいただく前にタイムカード押してから食べます。
だから主さんもまかない時間は計算されていないのでは？
あと、飲食店にありがちな、客が途切れず残業となっても、15分単位で給料が発生するのか、30分単位で発生するのかで大きくかわりますよ。
30分単位なら59分残業しても、30分の残業代しかでないわけですから。

同僚と店長にきちんと聞いた方がいいです。