子供の幸せはどちらですか？ 別居から約一年、妻が離婚希望、僕が拒否しています。 理由は詳しく書くと長くなるので割愛しますが、離婚の理由としては弱いという

お子さんが精神的に不安定な理由があなたの主観でしか書かれてないので、よくわかりません。
両親揃って不仲な環境でも子供には良いのか、母親または父親についていけば良いのかは子供と夫婦と離婚原因によるのでなんとも言えません。
お友だちがたくさんいるもとのおうちに暮らしたい、親は二人揃ってなくてもいい、というなら子供を戻すのが優先ですし。
調停は話し合いの場なので、調停員がこうしましょう、はないと思います。