お礼を言うとき「お世話様でした」は失礼？？ 33歳会社員です。先日子供が体調を崩し、保育園に行けず仕事をお休み頂きました。休み明け、代わりに休日出勤してくださ

詳しい事情がわからないので何ともいえませんが、お世話さまでした、が悪いわけではなくて、もしかしたら代わりに出てくれた方は無理をしてあなたの代わりを勤めてくれたのかもしれませんね。
本来は出なくてもよかったわけでしょ？
そういう意味で、『(私の代わりにわざわざ出てもらって)本当にありがとうございました。』というような誠実なお礼の言葉が必要ではないか、ということだと思います。
その方の時間をあなたのために犠牲にしたわけだし、あなたが逆の立場でも大して気にしないとしても、人によっては楽しみにしていた休みがなくなることを負担に思うかもしれません。

とにもかくにも、お礼の言葉は心から、丁寧に、が基本かと思います。