友達Aの元彼が、別の友達Bと付き合っていて複雑です。 しかもその3人（と私）は全員で60人程度の同じ学科にいて、もともと付き合っていた2人は研究室の同期です。

男性が元カノがキッパリ別れてからのフリー状況であれば誰とお付き合いするかは本人達の自由になるのは前提だけど、今回のことを身内の中で起きた恋愛だからショック、裏切り感、そして何よりも「気持ち悪い」という感覚がおきたんでしょうね。

また主さんは「元彼とBが付き合う手助け」をしたとありますが、手助けしてなくても彼等達の関係は遅かれ早かれ付き合ってた可能性はあると思うよ。

身内同士で起きた恋愛でAもBも接点がある中で主さんが想像もつかなかった事だと思います。
このような状況で「気持ち悪い」と感じるのは、その恋愛が親しい人の間で共有されてるという複雑な感情からくるものだから、今回の様な友達同士でカップルが成立して入れかわってる自体を受け入れられなかっただろうし嫌悪感が消えないまま困惑したんでしょうね。

誰だって元彼が接点の友達とお付き合いする事だと知れたら衝撃的な出来事だと思うのが自然だと思う。想像もしてなかった展開だったからね。

自分は恋愛に友情の結束なんて無いと思ってるから「気持ちが悪い」という感情はありません。そうゆう人が一定数いると解釈しているからですね。
主さんがBさんに嫌悪感抱くことは自然なことだし付き合い続けても良くは無いから離れてみてください。

B自体が恋愛体質に略奪癖の本質があるのかどうかにもよるけど、Aに対して友情が複雑になってでも恋愛を取ることに抵抗も無く感じてるならそこまでAを大切には思ってなかったのは確かだと思いますよ。