これ、バレますか？ 私の女友達と、既婚上司がデートを重ねていました。 詳しくは知りませんが不倫関係（肉体関係）ではなかったと思います。 女友達は「

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そうですよ。そもそも上司さんは既婚者なんですから。最初から決まっていた未来なんです。

上司さんの、分かってるよな？というのも、彼女さんの好意のことを指していると思われます。
明らかな好意を持って接したらまずいだろ？ってことだと思いますが、
彼女さんは関係が絶たれるた理由として、自分ではなく主さんにすることにしたんです。
恐らく他責思考な方なんでしょう。

主さんに話さないで！なんて言うってことは好意がバレたくなかったってことだと思いますが、下手すりゃ不倫になるのに気持ちが抑えられなかった彼女さんのほうに原因があるいうことです。
本人も本当は分かってるんでしょう。
もしまた問い詰められたとしても、話してないよと一環してくださいね。