これ、バレますか？ 私の女友達と、既婚上司がデートを重ねていました。 詳しくは知りませんが不倫関係（肉体関係）ではなかったと思います。 女友達は「

それはたぶん、主さんの言葉で察知したのではなく、つい油断して主さんに吐露してしまったことで、上司は自分が不倫を自分の中だけに留めておけないまずい精神状態にあると気づいたのでしょう。

すごく冷たく答えたと思うので、そういう意味で冷静にさせてしまったということはあるとは思います。
うまくスルーするには「そうですね、そういうこともあるかもしれませんねー」くらいをやさしめに言って流せれば当たり障りはなかったでしょうが、上司の気持ちも女友達の気持ちも迷惑でしかないのに無理ですよね。