個人事業主の旦那が税務調査に入られ、追徴課税恐らくですが1千万程取られると思います。 現在事業が全く上手くいってなく、生活するのもやっとの状況で恥ずかしながら

じゃあ、旦那と妻の会社間でのお金のやりとりをしてたんですよね？
その奥さんの会社ってのが、何の会社なんでしょう？それ、経営実態は無いんじゃないでしょうか？いわゆるダミー会社では？
経営実態がないのに、旦那が受注した仕事の売上を、そこの売上となるように計上してたら、既に脱税行為です。
お金の流れや手段がわかりませんので、脅すつもりはありませんが、奥さん名義の会社が、脱税ほう助の立場にならないとも限りません。大丈夫？
自分の名前で設立された会社の経理がどうなってたか、把握した方がいいと思います。