年末調整

給与を頂くのに、暫定で少し多めの金額をを所得税として引かれている筈？
と言う事は既に税金は納めている事になるのです。（源泉徴収）

暫定で引いてあった税金は、保険料等控除されていない金額ですから、
それを申告する事により、多かった分が戻ってくるのが還付金です。
③で引かれている金額が少し多くても戻ってこないだけですよ。

問題は③で源泉徴収されているか？ですが、されていると。
心配しなくて大丈夫でしょうと思います。