仕事でレジ打ちをしていますが、数年前から客にストーカー行為をされています。 ふと気付くと背後からジッ…と見ていたり、ジッと見ながらゆっくりと近くを通ります。 別

そういう場合は、一旦レジを止めて、(申し訳ございません、少々お待ちください)と客に言って、部門に値引きされてないことを伝えるのと、レジの上司に伝えることですね。
※貴方の気持ちじゃなく、会社側の気持ちを見せつけることです。

「ストーカーされない為にレジで値引きは致しません」はやめておいた方がいいです。
お客様が犯人はどいつだ！と疑いをばらまいて、不快な思いにさせるからです。自分も犯人扱いされてるかも…？って思いながら、買い物って嫌じゃないですか？貴方もお客様の立場だったら、お店に行きたくなくなりますよね…

ともかく、言い方は悪いんだけれど、ストーカーは貴方の私情です。…ほかのお客様には関係ない話なので、上司と店長に話して解決してもらう他ないですね。